Depuis 2001, des Commissions se réunissent en moyenne 2 à 3 fois par an.
Elles se composent chacune d'un Président et de plusieurs membres, représentant les communes adhérentes à l'Agglomération.
Elles donnent les grandes orientations et arrêtent des projets, dans le cadre des compétences de Vichy Val d'Allier.

Leurs propositions sont soumises au Bureau Communautaire, qui peut ainsi les présenter en Conseil Communautaire, pour une validation définitive (alors soumise au vote des 72 conseillers).

Les Commissions :

Commission n°1 :
- Développement Economique : Président - Monsieur René BARDET
- Commerce - Tourisme - TIC - Recherche - Zones Industrielles : Président - Monsieur Jean PIERRE

Commission n°2 :
- Aménagement de l'Espace : Président - Monsieur Fernand MINARD
- Transports : Président - Monsieur Jean-Pierre MONGARET

Commission n°3 :
- Equilibre Social de l'Habitat : Présidente - Madame Michèle HENRY
- Politique de la Ville : Présidente - Madame Nicole EYMARD

Commission n°4 :
- Voirie - Bâtiments : Président - Monsieur Gabriel MAQUIN
- Hygiène et Sécurité : Président - Monsieur Jean-Claude MARTINET

Commission n°5 :
- Assainissement : Président - Monsieur Raymond MAZAL
- Environnement : Président - Monsieur Gilbert CROUZIER

Commission n°6 :
- Equipements Culturels : Présidente - Madame Encarnacion DOUCHET-PARDO
- Sports : Président - Monsieur Michel GUYOT

Commission n°7 :
- Enseignement : Président - Monsieur Claude MALHURET
- Enfance - Jeunesse : Président - Monsieur Roger LEVILLAIN

Commission n°8 :
- Administration Générale - Personnel : Président - Monsieur Michel AURAMBOUT
- Finances - Budgets : Président - Monsieur Michel ROSTAN